干细胞治疗临床上一些难治性疾病，如脊髓损伤、脑瘫、肌萎缩侧索硬化症、系统性红斑狼疮、自身免疫肝病、心血管疾病等，根据初步的临床报告，干细胞对这些疾病的治疗都取得明显的疗效。
神经系统疾病
干细胞在适宜的条件下能分化为神经元及神经胶质细胞，还可分泌多种神经营养因子，如神经生长因子、脑源性神经营养因子、胶质细胞源性神经营养因子，促进神经细胞修复并产生功能，改善患者认知或者运动功能。
脑瘫
小儿脑瘫为脑性瘫痪的简称，是指小儿因多种原因（如感染、出血、外伤等）引起的脑实质损害，出现非进行性、中枢性运动功能障碍而发展为瘫痪的疾病，主要表现为运动障碍及姿势异常。
大量研究证实，干细胞治疗能有效改善脑性瘫痪患者的病情，患者进行干细胞移植后，可在一定程度上显著提升各项运动能力。
脊髓损伤
脊髓损伤是常见的创伤性疾病，这种疾病的发生往往导致损伤节段以下肢体出现严重的功能障碍，且脊髓损伤率出现逐年增高趋势。研究表明，经脐带间充质干细胞移植后，患者多表现为运动或感觉功能改善，大小便控制能力增强，提高了生活质量。
肌萎缩性脊髓侧索硬化症
是一种渐进性的神经退行性疾病，它影响大脑和脊髓中与运动相关的神经细胞，造成运动神经元死亡，令大脑无法控制肌肉运动，肌肉也会因缺乏运动而萎缩，以至瘫痪，身体如同被逐渐冻住一样，故俗称“渐冻人”。
以干细胞移植为基础的神经修复、神经调控的综合治疗方法，主要利用干细胞的自我更新、归巢、修复等功能主动去修复神经细胞，以改变神经细胞功能状态。肌萎缩侧索硬化症患者接受干细胞治疗后，症状得到明显改善，说明干细胞治疗 ALS 是有效的。
自身免疫疾病
大量的文献报道了干细胞发挥免疫调节作用的机制，研究发现干细胞可抑制由丝裂原或异体淋巴细胞激活的T、B淋巴细胞和自然杀伤（NK）细胞的增殖，抑制树突状细胞的发育与成熟，从而发挥免疫重建的功能。
系统性红斑狼疮
系统性红斑狼疮（SLE）是一种多发于青年女性的累及多脏器的自身免疫性炎症性结缔组织病，早期、轻型和不典型的病例日渐增多。2014年3月，《人脐带间充质干细胞(hUCMSCs)治疗难治性系统性红斑狼疮(SLE)临床研究》，对40位常规免疫治疗无效或反应差的难治性红斑狼疮患者进行干细胞移植，利用脐带间充质干细胞的免疫调节功能，重建患者免疫系统，使系统性红斑狼疮症状得到缓解。
自身免疫性肝病
自身免疫性肝炎是由自身免疫反应介导的慢性进行性肝脏炎症性疾病，严重病例可快速进展为肝硬化和肝衰竭。《实用肝脏病杂志》上报道，7名自身免疫性肝病患者经脐带间充质干细胞移植后，能有效改善患者的症状，与治疗前比，治疗后患者症状有所改善，包括精神状态好转、食欲增加、睡眠改善、肝区不适及疲劳感减轻等。
心血管类
血管疾病：主要指动脉粥样硬化、炎症性血管疾病、功能性血管疾病、血管的真性肿瘤性疾病等，其中以动脉粥样硬化最为常见。目前血管疾病在人类疾病死亡原因中已接近首位，其中主动脉、冠状动脉、颈动脉、脑动脉是主要罹患部位，因而心肌梗死和脑梗塞成为这种血管疾病的主要后果。
心梗
心肌梗死是一种严重的心血管疾病，主要是由于冠状动脉急性、持续性缺血缺氧导致心肌坏死，大量心肌细胞的不断死亡是心肌梗死发展为心力衰竭并最终导致死亡的重要病理机制。由于心肌自我再生能力有限，挽救和修复受损的心脏组织则成为治疗心肌梗死的目标，干细胞因其能够自我更新复制、具有多向分化的功能成为治疗心肌梗死研究热点和未来的发展方向。
当然，除了在这些领域，干细胞还在代谢类、妇科类、眼科类等领域内开展研究应用，并已取得良好效果。未来，随着干细胞技术的不断发展和相关技术的突破，干细胞将惠及更多人群。
